Krajský úřad Jihomoravského kraje má od roku 2007 certifikován systém řízení kvality dle normy ČSN EN ISO 9001. Systém je implementován na dvou odborech Krajského úřadu Jihomoravského kraje. A to na odboru kancelář ředitele a odboru regionálního rozvoje. Důkazem správného nastavení systému managementu kvality je obnovení certifikátu v letech 2010, 2013, 2017, 2020 a 2023 s dobou platnosti do 4. 5. 2026.
Jihomoravský kraj zahájil v roce 2013 implementaci systému energetického managementu pro kontrolu spotřeb energie na svém majetku v souladu s přijatou Energetickou politikou kraje. Výsledkem je mimo jiné i udělení certifikátu systému managementu hospodaření s energií dle normy ČSN EN ISO 50001.
Certifikační audit dle normy ČSN EN ISO 27001 proběhl v roce 2013 na dvou odborech Krajského úřadu Jihomoravského kraje. Certifikát ISO/IEC 27001 dokládá splnění, dodržování a další rozvoj specifických požadavků na systém řízení bezpečnosti informací. V letech 2015, 2018, 2021 a 2024 byla platnost certifikátu vždy úspěšně prodloužena. Důvodem implementace systému bezpečnosti informací je zabezpečení informací a ochrana osobních údajů, zefektivnění informačních toků v organizaci a rovněž přistoupení na požadavky implementace ISVS (Informačního systému veřejné správy).
Od roku 2013 je Krajský úřad Jihomoravského kraje certifikován v oblasti managementu společenské odpovědnosti dle normy ČSN 01 0391. Zatím poslední recertifikace proběhla v roce 2023, certifikát je platný do 4. 5. 2026. Získaný certifikát dokládá naplnění požadavků pro správné nastavení a uplatňování principů společenské odpovědnosti v každodenním fungování krajského úřadu a současně závazek k neustálému zlepšování se v této oblasti.